• 麹の原料による分類

みそは使う麹（米・麦・豆）の種類によって分類します。大豆に米を原料にした米麹を加えてつくるのが米みそ、大豆に麦麹（大麦もしくは裸麦）を加えてつくるのが麦みそです。お米や麦がそのまま使われているわけではないのです。豆みそは大豆のみを主原料とし、大豆を蒸してつぶした玉に種麹を付けて麹菌を培養させます。
ちなみに、米みそと豆みそといったように、異なる２種類以上のみそを混合したものは「調合みそ」と呼びます。

• 味、色による分類

その他には甘みそ、甘口みそ、辛口みそといった味による分け方もあります。辛さの加減は食塩の量により、甘さは麹歩合（原料の大豆に対する米麹や麦麹の比率）によって変わります。塩分が同じなら、麹歩合が高い（＝使う麹が多い）ほうが甘口に仕上がります。

また、仕上がりの色の違いで赤みそ、淡色みそ、白みその分類があります。色の違いは、主に大豆など原料の種類や大豆を蒸すか煮るか、麹の量、発酵中に上下を返すか、返す場合の回数、熟成期間などによって生じます。淡色みそは黄味を帯びた淡い色（山吹色）のみそのことで、信州みそはこれにあたります。