みそは室温で保存しても腐ることはありませんが、長期間保存すると淡色みそは赤色に、赤みそはいっそう色が濃くなります。これはアミノ酸が糖分と反応して褐色に変化するメイラード反応で、温度が高いほど強くなります

淡色みそ・赤みそとは

変色しても栄養成分には変化はありませんが、味や香りが損なわれてしまいます。開封後は袋の口を閉めて、空気が入らないように冷蔵保存を。容器入りの場合はみその表面にラップを密着させてからふたをすることで品質が保てます。家庭では冷凍保存が便利です。家庭の冷凍室では凍ることはなく、取り出してすぐに使えます。

みその表面に白いカビのようなものがでてくることがありますが、酵母の一種で無害です。香味を損なうので発生した場合はその部分を取り除いてお使いください。みそ表面のラップ（または袋の密閉）と冷蔵保存で発生を防ぐことができます。これとは別にみその表面や内部にできる白い結晶は大豆のたんぱく質が分解してできたアミノ酸の結晶で心配はいりません。